先生亲受先帝付托，有师保之责，比别不同。今特申谕交与先生，务要朝夕纳诲，以辅其德，用终先帝付托重义，庶社稷苍生，永有赖焉。先生其敬承之，故谕。（见奏疏六《谢皇太后慈谕疏》）
慈圣太后把监护的责任，完全移交居正。居正对于神宗，是担当国事的大臣，同时也是朝夕照管的监护人。直到神宗大婚以后，居正底双重职责，依然存在。奉到慈谕以后，居正疏称：
兹奉诰谕，以慈驾还宫，虑看管之少疏，恐圣德之有累，委臣以师保之责，勉臣以匡弼之忠，宠锡骈蕃，开谕恳切。臣捧读未竟，涕泗横流。念臣昔承先帝顾托之重，既矢以为国忘家，捐躯徇主矣，其在今日，敢不益掳忠荩，图报国恩。但内禁外廷，地势自隔；臣谟母训，听纳悬殊：尚冀我圣母念祖宗基业之重，天位保守之难，凡所以拥护圣躬，开导圣学者，尤望时加训迪，勿替夙恩；臣知皇上纯孝性成，必能仰承慈意，服膺罔懈也。至于进尽忠言，弼成圣政，则臣分义所宜自尽者，虽微慈谕，犹当思勉，况奉教督谆谆，敢不罄竭愚衷，对扬休命，臣诚不胜感激祈望之至。（奏疏六《谢皇太后慈谕疏》）
大婚典礼正在进行的时候，辽东巡抚张学颜底捷报到了。土蛮约同泰宁卫速把亥进犯辽东开原，大营扎在劈山，辽东总兵李成梁得到消息，随即出寨二百里，进捣劈山，斩敌四百三十，这便是所谓“劈山大捷”。捷报到了，神宗奏知慈圣皇太后，太后对神宗说：
“赖天地祖宗默祐，此时正尔行嘉礼之际，有此大捷，乃国家之庆，我心甚喜。元辅运筹庙谟，二辅同心协赞，才得建此奇功。我勉留张先生，这是明效。”
“圣母慈谕的是，’神宗恭敬地答复。（见《辽东大捷辞免加恩疏》。对话用原文。）
在大捷声中，神宗婚礼举行了，所娶的王皇后，后来谥为孝端皇后。大捷和大婚，对于辅臣，都有照例的赏赐，经过谦辞以后，居正两次各受银一百两，彩段六表里，对于升荫，仍坚辞未受。
现在是居正力援前疏，请求给假归家葬父的时候了，但是神宗还是不允，上谕说：
卿受遗先帝，辅朕冲年，殚忠宣劳，勋猷茂著。兹朕嘉礼初成，复奉圣母慈谕惓惓，以朕属卿，养德保躬，倚毗方切，岂可朝夕离朕左右？况前已遣司礼官营葬，今又何必亲行？宜遵先后谕旨，勉留匡弼，用安朕与圣母之心，乃为大忠至孝，所请不允。（见奏疏七《乞归葬疏》）
居正再行上疏，辞旨非常迫切，他说：
夫尽忠所以尽孝，而死者不可复生，臣岂不知今日之归，无益臣父之死；且重荷殊恩，特遣重臣，为之造葬，送终之礼，已为极至，臣今虽去，亦复何加，但区区乌鸟私情，唯欲一见父棺，送之归土，以了此一念耳。若此念不遂，虽强留于此，而心怀蕴结，形神愈病，必不能专志一虑，以图国家之事；公义私情，岂不两失之乎？比得家信，言臣父葬期，择于四月十六日，如蒙圣慈垂怜，早赐俞允，给臣数月之假，俟尊上两宫圣母徽号礼成，即星驰回籍，一视窀穸，因而省问臣母，以慰衰颜。傥荷圣母与皇上洪庇，臣母幸而康健无病，臣即扶侍同来。臣私念既遂，志意获纾，自此以后，当一心一虑，服勤终身，死无所憾。是今虽暂旷于数月，而后乃毕力于终身，皇上亦何惜此数月之假，而不以作臣终身之忠乎？此臣之所以叩心泣血，呼天乞怜，而不能自已者也。若谓臣畏流俗之非议，忘顾托之重任，孤负国恩，欲求解脱，则九庙神灵，鉴臣之罪，必加诛殛，人亦将不食其余矣。（奏疏七《再乞归葬疏》）
这次神宗准奏了，但是因为不能远离居正，所以限期回京，上谕说：
朕勉留卿，原为社稷大计，倚毗深至。览卿此奏，情词益迫，朕不忍固违，暂准回籍襄事。还写敕差文、武官各一员护送，葬毕，就著前差太监魏朝，敦趣上道，奉卿母同来，限五月中旬到京。往回都着驰驿。该省抚、按官仍将在籍起身日期，作速差人奏报。（见前疏）
三月初，仁圣皇太后加尊号仁圣贞懿皇太后，（《明史·后妃传》作贞懿，《张文忠公全集》作懿安。）慈圣皇太后加尊号慈圣宣文皇太后。事情都停当了。居正想起回去以后，阁中只剩吕调阳、张四维两人，诚恐闻见有限，办事不易，随即疏请简用阁臣。奉御批：“卿等推堪是任的来看。”据说居正自念高拱和自己不和，殷士儋在宫内有奥援，都不敢推，最后决定推荐徐阶。居正已经发信给徐阶了，后来想起徐阶还朝以后，官阶和科第都在自己之上，自己葬毕回京，只有把首辅奉让；所以还把这个计划打销。（《明史·张居正传》、《明纪》卷四十。据王世贞《首辅传》张居正遣人布腹心于阶，阶诸子且信之，似为徐阶诸子之大言，居正未必有信。）揣测之词，不甚可信。居正想起在万历三年八月请求增补阁员的时候，除张四维以外，曾经陪推马自强、申时行二人，因此再行上疏，内称“今臣等公同评品，堪任是职，似亦无逾于二臣者，敢仍以二臣推上，伏乞圣明，再加审酌。”神宗随即批准，马自强以礼部尚书兼文渊阁大学士，申时行升吏部左侍郎，兼东阁大学士。“俱着随元辅等在内阁办事。”万历六年的内阁，人才充实了，但是其实还只是居正一人。
自强，同州人，嘉靖三十二年进士，万历三年为吏部左侍郎，九月升礼部尚书，是一个老成干练的人物。平时自强底主张，和居正不一致，所以这次入阁，自强觉得有些出于意外，因此对于居正，十分感激。时行，长洲人，嘉靖四十一年进土第一，万历三年为詹事府少詹事兼翰林院侍读学士，后来升吏部右侍郎。这一位苏州状元，在万历十一年至十九年间，曾任八年有余的首辅，此时只是后生新进，经过居正两次推荐，所以对于居正，更是非常亲近。万历六年的内阁，一切只是居正底局面。六年七月，调阳病重回籍，十月自强病卒，于是内阁只剩居正、四维、时行三人，一直维持到万历十年。
居正回籍的日期决定在三月十三日。神宗赐路费银五百两、纻丝六表里，仁圣太后赐银三百两、纻丝六表里，慈圣太后赐银五百两、纻丝六表里。之外，神宗又给“帝赍忠良”银印一颗，另赐手谕：
朕大礼甫成，倚毗先生方切，岂可一日相离？但先生情词迫切，不得已，准暂给假襄事，以尽先生孝情。长途保重，到家少要过恸，以朕为念，方是大孝。五月中旬，就要先生同母到京，万勿迟延，致朕悬望。又先生此行，虽非久别，然国事尚宜留心，今赐先生“帝赍忠良”银记一颗，若闻朝政有阙，可即实封奏闻。（见奏疏七《谢赐敕谕并银记疏》）
司礼监太监王臻到居正宅中，口传圣旨，着居正于三月十一日到文华殿面辞。这一天居正到文华殿，神宗在西室里坐着。居正面奏道：
“臣仰荷天恩，准假归葬，又特降手谕，赐路费银两、表里及银记一颗。臣仰戴恩眷非常，捐躯难报。”
“先生近前来些，”神宗吩咐道。
居正向前挪近几步。
“圣母与朕意，原不肯放先生回，”神宗说，“只因先生情辞恳切，恐致伤怀，特此允行。先生到家事毕，即望速来。国家事重，先生去了，朕何所倚托？”
居正叩头称谢，又说：“臣之此行，万非得已。然臣身虽暂违，犬马之心实无时刻不在皇上左右。伏望皇上保爱圣躬。今大婚之后，起居食息，尤宜谨慎。这一件，是第一紧要事，臣为此日夜放心不下，伏望圣明，万分撙节保爱。又数年以来，事无大小，皇上悉以委之于臣，不复劳心；今后皇上却须自家留心，莫说臣数月之别，未必便有差误。古语说：‘一日、二日万几，’一事不谨，或贻四海之忧。自今各衙门章奏，望皇上一一省览，亲自裁决。有关系者，召内阁诸臣，与之商榷停当而行。”
“先生忠爱，朕知道了，”神宗说。
“臣屡荷圣母恩慈，以服色不便，不敢到宫门前叩谢，伏望皇上为臣转奏，”居正说。
“知道了，”神宗说，一边又叮咛道，“长途保重，到家勿过哀。”
居正感动的了不得，伏地呜咽，话也说不得了。
“先生少要悲痛，”神宗安慰他，但是神宗也呜咽了。
居正叩头，退出西室，在他退出的时候，听得神宗和左右说：“我有好些话，要与先生说，见他悲伤，我亦哽咽说不得了。”（奏疏七《召辞纪事》。对话用原文。）
一直到十六岁，神宗还是一个天真的孩子。他看到这个当国多年的老臣，长长的一络长须，现在精神困惫，形容摧朽，（居正居丧中情状，见书牍十四《答徐存斋二十四》）眼看又要回去，固然二、三月以内，居正还要回朝，但是神宗心里，毕竟有一点恋恋不舍。居正辞出以后，神宗再着文书官孙斌等赐居正食品八盒。慈圣太后也派慈宁宫牌子太监李旺赐居正银八宝豆叶六十两，途中赏人。李旺口传皇太后圣谕道：“先生行了以后，皇上无所依托。先生既舍不得皇帝，到家事毕，早早就来，不要待人催取。”（见奏疏七《召辞纪事》及《谢召见面辞疏》）
三月十三日居正出京，神宗特着司礼监太监张鲸，到郊外饯送，又赐甜食二盒、干点心二盒。文武百官一概出郊远送。
据王世贞底记载，居正这一次回去，真有些威风。轿子是特制的。前面是起居室，后面是寝室，两廊一边一个书僮焚香挥扇。三十二名轿夫抬着一架大轿，赫赫煊煊地从北京南下，一路还有蓟镇总兵戚继光派来的铳手、箭手随同保护，沿路巡抚和巡按御史出疆迎送，府、州、县官跪着迎接，开路办差，更加忙得不亦乐乎。